Para dar cumplimiento a los objetivos de los EJES ESTRATÉGICOS, desde su creación, la JISOC ha desarrollado proyectos, programas y estrategias que permiten puntualizar la atención a la problemática ambiental de la región.
Desde su creación en el 2012, la JISOC ha identificado la problemática ambiental generada por el mal manejo de los residuos sólidos urbanos y las aguas residuales en la región.
Para contribuir a la solución se creó el PROGRAMA PARA LA PREVENCIÓN Y GESTIÓN INTEGRAL DE LOS RESIDUOS SÓLIDOS URBANOS Y DE MANEJO ESPECIAL Y AGUAS RESIDUALES EN LOS MUNICIPIOS DE LA JISOC.
A través de la actualización de diagnósticos, se han podido desarrollar propuestas como las campañas de concientización en la población para disminuir la generación de residuos, electroacopios, gestión de recursos para financiar obras públicas para el manejo de residuos; por ejemplo, la ampliación de rellenos sanitarios, rehabilitación de plantas de tratamiento de aguas residuales, la compra y equipamiento de camiones recolectores de basura; además del seguimiento y asesoría técnica a cada uno de los municipios que integran la Junta.
La Estrategia Peregrino Sustentable es una plataforma para la coordinación de esfuerzos entre autoridades municipales , estatales y federales que tiene como objetivo atender la problemática ambiental, como consecuencia de las romerías hacia la Basílica de la virgen del Rosario de Talpa de Allende, atendiendo principalmente la generación de residuos sólidos urbanos, prevención de incendios forestales, daño a la biodiversidad entre otros. La estrategia fortalece los vínculos de colaboración con los sectores público, privado, académico, social y religioso.
La JISOC cuenta con una estrategia intermunicipal para la captura y aprovechamiento de enjambres de abejas (Apis mellifera), la cual permite recuperar y proteger enjambres que se capturan en zonas urbanas, para seguridad de los ciudadanos y con esto evitar que sean exterminadas de forma innecesaria. A través de la capacitación contínua y la vinculación con los municipios, unidades de Protección Civil y apicultores locales, los enjambres son contenidos y liberados y/o colocados en colmenas de productores que facilitan la producción de miel.
El subproyecto CONECTA es un proyecto que vino a impulsar las actividades productivas de ganadería en la región sierra occidental y costa.
Con este proyecto se ha logrado beneficiar directamente a 13 personas que se han convencido de migrar de una producción tradicional, a una más amigable con el medio ambiente, con asesoría técnica, el establecimiento de sistemas silvopastoriles, manejo integral del agua, rotación de ganado en potreros de pastoreo con ayuda de cerco electrico, asi como tener una mejor administración en la unidad de producción mediante el llenado de registros productivos.